Полное название | Назначение | Особенности | |
ПГТ-А | Преимплантационное генетическое тестирование на анеуплоидии | Выявление увеличения или потери как целых хромосом, так и их участков у эмбрионов | Наиболее распространенный вид ПГТ |
ПГТ-СП | Преимплантационное генетическое тестирование на структурные перестройки | Проводится в семьях, где у одного из родителей имеется структурная хромосомная перестройка (транслокация) | Часто сопровождается дополнительными методами исследования перед процедурой |
ПГТ-М | Преимплантационное генетическое тестирование на моногенные заболевания | Проводится в семьях, где есть риск передачи генетического заболевания либо уже были случаи рождения ребенка с заболеванием; также для пациентов с риском резус-конфликта между матерью и плодом | Перед проведением исследования эмбриона создается индивидуальная тест-система для семьи |
ПГТ-p | Преимплантационное генетическое тестирование эмбриона на полиморфные заболевания | Обследование эмбрионов на патологии, которые имеют генетическую предрасположенность (например, сахарный диабет, бронхиальная астма, болезнь Паркинсона) | Новое направление в ПГТ, находится на стадии испытаний |
Метод | Принцип | Диагностические возможности | Преимущества | Недостатки |
FISH (флуоресцентная in situ гибридизация) | Гибридизация флуоресцентно-меченых ДНК-зондов с комплементарными участками хромосом | • Анеуплоидии ограниченного числа хромосом (5-12) • Транслокации | • Быстрый результат (24-48ч) • Относительно низкая стоимость • Визуализация хромосом | • Ограниченное число исследуемых хромосом • Субъективность оценки • Высокий риск ошибки при анализе единичных клеток |
aCGH (микрочиповая сравнительная геномная гибридизация) | Сравнение тестируемой и референсной ДНК на микрочипе | • Анеуплоидии всех хромосом • Крупные делеции/дупликации (>10 Mb) | • Анализ всего генома • Автоматизированная оценка • Высокая точность | • Не выявляет триплоидию, сбалансированные перестройки • Требует WGA • Относительно длительный анализ (24ч) |
SNP-array (микрочипы однонуклеотидных полиморфизмов) | Анализ SNP-маркеров по всему геному | • Анеуплоидии • Однородительские дисомии • Гаплотипирование • Определение родительского происхождения хромосом | • Определяет полиплоидию • Выявляет рекомбинации • Высокая информативность | • Высокая стоимость • Сложность интерпретации • Необходимость анализа родительских образцов |
NGS (секвенирование нового поколения) | Массовое параллельное секвенирование фрагментов ДНК | • Анеуплоидии всех хромосом • Микроделеции/дупликации (>1-2 Mb) • Моногенные заболевания • Мозаицизм | • Высокая чувствительность • Выявление мозаицизма • Возможность одновременного анализа на моногенные заболевания | • Высокая стоимость оборудования • Сложная биоинформатическая обработка • Длительность анализа |
qPCR (количественная ПЦР) | Амплификация и количественная оценка специфических участков хромосом | • Анеуплоидии • Определенные моногенные заболевания | • Быстрый результат (4ч) • Низкая стоимость • Не требует полной WGA | • Ограниченное число анализируемых локусов • Меньшая точность при анализе мозаицизма |
Кариомаппинг | Анализ наследования SNP-маркеров от родителей к эмбриону | • Моногенные заболевания • Косвенное определение мутаций через гаплотипы • Анеуплоидии | • Не требует разработки специфических тест-систем для каждой мутации • Универсальность | • Необходимость ДНК родителей и референсного образца • Не выявляет de novo мутации • Высокая стоимость |
ПЦР на конкретные мутации | Амплификация и анализ конкретных генетических локусов | • Конкретные мутации при моногенных заболеваниях | • Высокая специфичность • Прямое определение мутации • Относительно низкая стоимость | • Требует индивидуальной разработки для каждой семьи • Риск аллельного выпадения • Контаминация |
WGA (полногеномная амплификация) | Амплификация всего генома из единичных клеток | • Подготовка материала для других методов анализа | • Получение достаточного количества ДНК из единичных клеток • Возможность проведения нескольких видов анализа | • Неравномерность амплификации • Риск аллельного выпадения • Риск контаминации |
PGT-A (ПГТ на анеуплоидии) | Различные платформы (NGS, aCGH, SNP-array) | • Анеуплоидии всех хромосом Мозаицизм | • Повышение эффективности ЭКО • Снижение риска выкидыша | • Дискуссии о клинической значимости при мозаицизме • Инвазивность процедуры |
PGT-M (ПГТ на моногенные заболевания) | Различные методы (ПЦР, NGS, кариомаппинг) | • Моногенные заболевания | • Предотвращение передачи генетических заболеваний | • Индивидуальная разработка протоколов • Высокая стоимость |
PGT-SR (ПГТ на структурные перестройки) | FISH, aCGH, NGS, SNP-array | • Хромосомные транслокации • Инверсии • Структурные перестройки | • Выявление несбалансированных гамет | • Не выявляет полностью сбалансированные перестройки • Сложность интерпретации |